Sejak tahun 2018, BBTKLPP Yogyakarta mengkoordinir kegiatan Sistem Surveilans Sentinel Japanese Encephalitis (S3JE) di DIY dan Provinsi Jawa Tengah. Lokasi sentinel di DIY mencakup 13 rumah sakit pemerintah maupun swasta di kelima kabupaten/kota di DIY. Walaupun kegiatan ini sempat terhenti selama bulan Juli 2020 – Juni 2021 karena pandemi Covid, pengumpulan spesimen pada tahun 2022 dan 2023 menunjukkan peningkatan secara kuantitas. Tahun 2021, diperiksa 114 spesimen suspek JE, sedangkan pada tahun 2023 ini, hingga bulan September telah diperiksa 118 spesimen. Namun demikian, dari 13 rumah sakit sentinel, hanya 6 rumah sakit yang aktif mengirimkan spesimen di tahun 2023. Untuk mengaktifkan pengumpulan spesimen dan memperkuat surveilans JE di DIY, pada tanggal 2 Oktober 2023, BBTKLPP Yogyakarta melaksanakan Pembekalan Teknis Kegiatan S3JE yang dilaksanakan di Aula lantai 5 BBTKLPP Yogyakarta.
Pembekalan teknis ini dihadiri oleh petugas Dinas Kesehatan DIY dan Jawa Tengah, dinas kesehatan kabupaten/kota se-DIY, Balai Laboratorium Kesehatan dan Kalibrasi Yogyakarta, UPT laboratorium kesehatan daerah di lima kabupaten/kota di DIY, dan tim S3JE rumah sakit sentinel se-DIY.
Pertemuan dibuka oleh Kepala BBTKLPP Yogyakarta, dr. Darmawali Handoko, M.Epid. Dalam arahannya, beliau menekankan perlunya peningkatan kualitas surveilans untuk mendapatkan data yang akurat. Selanjutnya, materi pembekalan teknis disampaikan secara panel yang dipimpin oleh moderator, dr. Yohanna G. Chandra, M.S. Materi pertama disampaikan oleh Prof. Dr. dr. Elisabeth S. Herini, Sp.A.(K) dengan judul Strategi Nasional Upaya Pengendalian JE dan Implikasinya terhadap Kegiatan Surveilnas Sentinel JE di DIY, diikuti oleh materi dari Tim Kerja (Timja) Surveilans dan Karantina Kesehatan, Randy Manuhutu, S.K.M., M.K.M., dengan judul Sistem Kewaspadaan Dini dan Respon (SKDR) dan Penyelidikan Epidemiologi Japanese Encephalitis (JE). Materi ketiga disampaikan oleh Dr. Agus Handito, M.Epid dari Timja Arbovirosis dengan judul Surveilans Sentinel Japanese Encephalitis di Indonesia. Penyampaian materi diikuti dengan tanya jawab dan diskusi, dan diakhir dengan penyusunan rencana tindak lanjut (RTL).
Dalam RTL disepakati antara lain bahwa setiap rumah sakit sentinel akan menerbitkan SK Tim S3JE, pelaporan hasil akan disampaikan oleh BBTKLPP Yogyakarta kepada Timja Arbovirosis, dinas kesehatan provinsi/kabupaten/kota, dan RS sentinel sebelum tanggal 10 pada bulan berikutnya, dan akan dilakukan perbaruan Pedoman Pencegahan dan Pengendalian JE dan Petunjuk Teknis S3JE sebagai dasar pelaksanaan surveilans di masyarakat.